microRNA (核糖核酸)分子的插图。MicroRNA

利用新型递送方法推进 microRNA 疗法

MicroRNA (miRNA/miR) 是由 20-22 个核苷酸组成的短链非编码 RNA,通过与靶信使 RNA(mRNA) 分子相互作用,在基因调控中发挥关键作用。据估计,microRNA 在翻译水平上可调控人类基因组中高达 60% 的蛋白质编码基因。它们参与多种生理过程,如分化、增殖、凋亡和发育,其调控失衡已被证实与多种病理性疾病相关。

2024 年诺贝尔生理学或医学奖授予 Victor Ambros 和 Gary Ruvkun,以表彰他们“发现 microRNA 及其在转录后基因调控中的作用”,这凸显了 microRNA 的重要性。这些科学家于 1993 年首次发表了他们对 microRNA 的发现,到 2000 年,Ruvkun 的研究小组已经识别出 let-7,这是一种由 let-7 基因编码的 microRNA,该分子在多种动物物种中呈现高度保守性。自那时起,人们对开发 microRNA 疗法表现出了极大的兴趣。

这些核酸的毒性和有效递送问题仍然是一个挑战。少于 20 种 microRNA 治疗药物已进入临床试验,其中没有一种处于 III 期阶段。由于 microRNA 的毒性和其他严重副作用,约有一半已启动的 microRNA 治疗试验不得不暂停或终止。

然而,新的研究正在取得进展。纳米级药物递送系统的进步正在解决药效和毒性问题,随着递送方法的不断改进,microRNA 疗法可能会得到更广泛的应用。

microRNA的生物发生及作用机制

MicroRNA 可以作为独立的转录单元存在,或嵌套在其他基因的内含子或外显子中。microRNA 的生成有两种途径:经典途径和非经典途径(见图 1)。

miRNA的生物发生和作用机制。
图 1:microRNA 的生物合成及作用机制。DGCR8(DiGeorge综合征关键区域 8)、TRBP(反式激活应答元件 RNA 结合蛋白)、RISC(RNA 诱导沉默复合体)。本示意图使用 BioRender.com 的数据绘制(访问日期:2025 年 1 月 28 日)

在经典通路中,microRNA 基因被 RNA 聚合酶 II(偶尔 RNA 聚合酶 III)转录生成长初级 microRNA 转录本 (pri-miRNA)。Pri-miRNA 可长达数千碱基,并带有 5' 和 3' 侧翼序列,还可能包含多个成熟 microRNA 的茎环结构。Pri-miRNA 由核蛋白 DGCR8(DiGeorge 综合征关键区域 8)和酶 DROSHA 加工处理成发夹状结构,称为前体 miRNA 转录本 (pre-miRNA)。

在非经典途径中,位于 mRNA 内含子中的 microRNA 前体被剪接出来,绕过了 DGCR8/DROSHA 步骤。然后,Pre-miRNA 在 exportin-5 的帮助下被转运到细胞质中。一旦进入细胞质,RNase 酶 DICER 就会作用于 pre-miRNA 发夹环,并将其切割成成熟的 microRNA 双链。microRNA 双链的一条链(引导链)与 RNA 诱导的沉默复合体 (RISC) 中的 Argonaut (AGO) 蛋白结合,而另一条链(乘客链)则被降解。通常基于热力学稳定性等因素,会优先选择某一条链被整合进 RISC。最终,靶 mRNA 要么被降解,要么经历翻译抑制。

递送方法的改进使突破更近一步

由于 microRNA 的不稳定性和易降解性,将其有效输送到靶细胞是一项复杂的挑战。当前的方法包括病毒系统(腺相关病毒、腺病毒和慢病毒载体)以及非病毒系统(脂质纳米颗粒、聚合物纳米颗粒、无机纳米颗粒、细胞外囊泡和肽)。

病毒介导的 microRNA 递送已被证实有效,但该方法存在高免疫原性。相反,非病毒载体表现出相对稳定性和低免疫原性。结果,研究人员正在探索多种类型的非病毒纳米载体,以有效地将 microRNA 运送到细胞中。

脂质纳米颗粒 (LNP) 是当前最常用的载体,因其能保护 microRNA 且具有良好的生物相容性。LNP 最近由可电离的阳离子脂质开发,以更高效地递送 microRNA。LNP 还可以包括“辅助脂质”,如胆固醇或二油酸磷脂酰乙醇胺 (DOPE),以提高稳定性并降低毒性。引入聚乙二醇 (PEG) 已被证实能减少纳米颗粒聚集并延长循环时间。

聚合物基载体也正在取得新的突破,包括聚(乳酸-羟基乙酸共聚物)(PLGA)。研究人员开发了一种抑制 microRNA-210 的策略,使用具有改进 RNA 结合效能的反义 γ 肽核酸(γPNAs),并将其封装在 PLGA 纳米颗粒中。PLGA 已获得 FDA 批准作为输送载体,并正在进行小干扰 RNA(siRNA)疗法的二期试验。

无机纳米颗粒如金纳米颗粒和二氧化硅纳米颗粒也显示出作为 microRNA 载体的潜力,但持续存在的毒性问题,特别是金纳米颗粒,可能会限制其临床应用。

将 microRNA 用作治疗手段的不同策略

我们通过分析 CAS 内容合集TM(全球最大人工收录科学信息库),深入解析 microRNA 研究格局。尽管期刊发文量近期略有下降,但过去五年 microRNA 相关出版物增幅达 187%(2020-2025 CAS 数据),其中治疗应用研究占比从 32% 提升至 61%。不过,专利公开数量持续增长,表明该领域保持商业关注热度(见图 2)。

文献数量(期刊文章和专利)的年度趋势
图 2:与 microRNA 疗法相关文档(期刊文章和专利)的年度趋势。来源:CAS 内容合集。

microRNA 治疗技术的核心目标在于调控并最终修复异常或病理性 microRNA 表达模式。目前主要通过两种方法实现:microRNA 激活剂/增强剂与 microRNA 抑制剂。第一组主要包括 microRNA 模拟物,而第二组则由抗 MIR 寡核苷酸 (AMO)、microRNA 掩蔽物、海绵和诱饵组成。请参见图 3,大多数出版物涉及 microRNA 抑制剂 (67.7%)。在这些出版物中,AMO 是最常见的。

使用 miRNA 作为治疗手段的刺激和抑制方法的分布。
图 3:使用 miRNA 作为治疗手段的刺激性和抑制性方法的分布。来源:CAS 内容合集。

这些不同策略的工作原理如下:

  • microRNA 模拟物合成的双链小 RNA 分子,与相应的 microRNA 序列匹配,模拟天然合成 microRNA 的作用。其目的是在病理条件下功能性补充丢失或减少的 microRNA 表达。
  • antiMIR/AMO/anatagomiR基于第一代反义寡核苷酸的合成单链小 RNA 分子,可能具有化学修饰(例如,带有 2-O-甲氧乙基修饰的 antiMIR 也称为 antagomiR)。它们通过与具有互补序列的 microRNA 功能性结合,阻止其与靶向 mRNA 的相互作用,从而最终提高后者的表达水平。
  • microRNA 海绵人工合成的 microRNA 分子,其包含寡核苷酸序列的串联重复结构,这些序列携带有目标成熟 microRNA 的结合位点 (MBS)。它们会封存目标内源性 microRNA,使目标 mRNA 上的 MBS 释放,从而导致其上调。CircmiR 是圆形 microRNA 海绵,具有相同的作用机制,但更加稳定。
  • microRNA 诱饵microRNA 海绵的一种变体,其特点是茎环结构(环包含 MBS)。
  • microRNA 掩蔽物带有 2ʹ-O-甲氧乙基修饰(或其他化学修饰)的单链寡核苷酸。它们与靶 mRNA 的 3'UTR 中的 MBS(microRNA 结合位点)完全互补,阻碍 microRNA 与 mRNA的相互作用,从而提高 mRNA 的表达水平。

探索 microRNA 作为治疗手段的潜力

MicroRNA 由于其在基因表达中的多种功能,可能有助于解决多种疾病。根据我们对 CAS 内容合集的分析,癌症是研究最为突出的治疗领域 (67.5%),其次是心血管疾病 (10.2%))、感染 (4.5%)、糖尿病 (4.4%) 和神经退行性疾病 (4.3%)(参见图 4)。

出现在 microRNA 相关数据集中的主要治疗领域。
图 4:microRNA 相关数据集中出现的主要治疗领域。左右面板显示了前两种疾病的进一步分布 (%):心血管疾病(左)和癌症(右)。来源:CAS 内容合集。

癌症

致癌性 microRNA (oncomiR) 通过参与多种信号通路,在癌症发展中起着重要作用,包括抑制抑癌基因和激活致癌基因。miR-34 家族(miR-34a、miR-34b、miR-34c),受 TP53 肿瘤抑制基因调控,能够下调多个基因,如 Cyclin D1、E2、CDK4、CDK6、BCl2 和 Myc,导致细胞周期停滞和凋亡,抑制肿瘤生长。MiR-17-92 基因簇,通常被称为“oncomir-1”,通过靶向抑制 PTEN、p21 和 E2F 等抑癌因子,导致细胞增殖、存活及血管生成能力增强。MiR-21 主要通过靶向作用 PTEN、PDCD4 和 TIMP3 基因,并激活 PI3K/Akt 和 MAPK 等支持细胞生存的通路,进一步促进肿瘤的生长、侵袭和转移。除了调节肿瘤抑制因子和致癌基因外,microRNA 还在调节癌细胞耐药性方面发挥着关键作用。

心血管疾病

最近的分析研究发现,众多 microRNA 在心血管疾病 (CVD) 中呈现时空差异性表达,为心肌梗死、动脉粥样硬化、心力衰竭、中风及高血压等疾病的调控提供了新思路。典型实例包括 miR-29 参与心肌纤维化(病理性心肌重塑)、miR-21 与 miR-155 调控心肌病发展、以及 miR-34 在心肌梗死中的关键作用。MiR-21 和 miR-29 在病理性心脏重构过程中也在细胞外基质沉积中发挥关键作用。Dicer 是一种参与所有 microRNA 成熟过程的酶,在心力衰竭期间表现出异常表达。功能性研究表明,心脏特异性敲除 Dicer 会导致小鼠出现进行性心肌病、心力衰竭以及死亡。现有数据综合表明,Dicer/microRNA 在正常心脏功能及病理状态下均发挥关键作用,并正被作为心血管疾病 (CVD) 中的潜在治疗靶点进行研究。

感染

在超过 50 种感染(包括细菌性、病毒性、真菌性和寄生虫性)的宿主与病原体相互作用机制研究中,microRNA 正被作为重点探索研究对象。microRNA 可以通过多种方式帮助对抗传染病。它们可以调节特定蛋白质,这些蛋白质参与先天和适应性免疫途径,帮助微调对感染的免疫反应。它们可以用于靶向病原体基因并抑制其复制。例如,RG-101和 miravirsen(miR-122 抑制剂)等疗法,通过靶向宿主 microRNA 来对抗丙型肝炎病毒感染。MicroRNA 也正被用于开发减毒疫苗的研究,其技术路径是通过将 microRNA 反应元件整合到病毒疫苗基因组中实现。一些病原体,例如 Ebola,会产生自己的 microRNA,可以通过针对性治疗来降低其致病性并改善治疗效果。

糖尿病

新兴的证据表明,microRNA 在 β 细胞功能(存活、增殖、分化和胰岛素分泌)以及调节胰岛素抵抗或敏感性方面发挥着关键作用。它们可以影响炎症反应,而糖尿病患者的炎症反应通常会加剧。通过降低炎症,microRNA 可以协助管理与糖尿病相关的并发症。多项旨在寻找基于 microRNA 的糖尿病治疗方法的临床前试验和体外研究已显示出可喜成果。

神经退行性疾病

MicroRNA 可以调节与神经退行性疾病相关的基因表达,减轻神经炎症,并保护神经元免于凋亡。例如,miR-124miR-132 支持神经元健康和功能,而 miR-29 和 miR-34 系列则针对与阿尔茨海默病中淀粉样蛋白 β 生成有关的基因。MicroRNA 还能促进神经发生,这对大脑修复至关重要,其中 miR-9 和 miR-124 被认为在神经发生中发挥重要作用。失调的 microRNA 会导致神经功能恶化和神经退行性疾病的发展。因此,调节这些 microRNA 为治疗这些病症提供了新的方向。

我们绘制了文献数据集中最常见的 microRNA,并将它们在前五大治疗领域中的分布进行了可视化,作为我们分析的一部分(见图 5)。

出现在 microRNA 治疗相关数据集中的主要 microRNA。
图 5:A) 出现在 microRNA 治疗相关数据集中的主要 microRNA。(B) 热图显示了这些主要 microRNA 在前五大治疗领域中的分布情况。颜色由红到绿表示从高到低。热图以文献数量作为测量指标绘制。来源:CAS 内容合集。

我们还进行了共现分析,以确定哪些类型的 microRNA 疗法与文献中的五种主要疾病最密切相关(见图 6)。

 microRNA 疗法方法之间的共现
图 6:microRNA 相关出版物中 microRNA 疗法(左列)与治疗领域(右列)的方法共现。资料来源:Sankey/MATIC.com。

microRNA治疗的前景

我们已经看到 microRNA 疗法领域近年来取得突破性进展,然而,在将这些疗法用于临床实践之前,仍需克服持续存在的挑战。必须进行临床试验,以确认不同 microRNA 策略和递送方法的安全性和有效性。不良免疫反应、非特异性组织积累和内体降解是开发基于 microRNA 的疗法所面临的其他重大挑战。

最新研究表明,这些疗法正在取得突破,未来一片光明。以 CRISPR/Cas 基因编辑技术精准调控 microRNA 基因表达,结合人工智能驱动的 microRNA 靶点预测模型,这些尖端技术的融合为 microRNA 疗法的开发开辟了突破性路径。

通过持续创新,microRNA 疗法很快就能改变许多疾病的患者护理方式。

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