タンパク質の機能予測は、この10年間で著しい進歩を遂げてきました。これは、新しい機械学習や人工知能の計算方法の台頭と時期が一致しています。この記事では、タンパク質機能予測の専門家であり、CAFA（Critical Assessment of Function Annotation）実験の共同主催者であるイド・フリードバーグ博士に、タンパク質機能予測モデルがどの程度正確なのか、またこの分野は次にどの方向に向かうのか、といったことについてお話を伺いました。
CAS：タンパク質の機能予測に興味を持ったのは、どういったきっかけだったのでしょうか？
CAS：博士が研究を始めてから、タンパク質の自動機能予測の分野はどのように発展しましたか？
CAS：タンパク質の機能予測では、他よりも優れているアプローチはありますか？
CAS：分子機能予測が向上している中、生物学的プロセスや細胞成分の予測はどの程度可能になっているのでしょうか？
CAS：この分野での主要なボトルネックには、どんなものがあるでしょうか？
CAS：つまり、主なボトルネックのひとつは、計算に関わるものでも何でもなく、ウェットラボでどんな研究がなされ、そして発表されるかということなんですね。
CAS：自然言語処理モデル（NLP）における最近の進歩は、バイオキュレーションに利用できると思いますか。
CAS：タンパク質の機能予測において、現時点では大きなチャンスはどんなものがあると思いますか。
CAS：創薬プロセスにおいて何かを変えられる魔法の杖があるとしたら、何を変えますか？
Iddo Friedberg博士（Ph.D.）は、アイオワ州立大学獣医学部の准教授です。バイオインフォマティクスの博士号（Ph.D.）を持つFriedberg博士は、計算メタゲノミクスとタンパク質機能予測の分野でキャリアを築いてきました。彼の研究は、利用可能な膨大な量のオミクスデータを活用してタンパク質と遺伝子の機能を予測することを目的としており、志を同じくする科学者を集めて、タンパク質機能の自動予測について議論しています。タンパク質機能の予測に特化した計算手法の大規模な評価を目的とした実験であるCAFA（Critical Assessment of Function Annotation）の共同主催者として、フリードバーグ博士はタンパク質機能予測の将来の最先端に立っています。