La predicción de la función de las proteínas ha experimentado importantes avances a lo largo de la última década, coincidiendo con el auge de los nuevos métodos computacionales de aprendizaje automático e inteligencia artificial. En este artículo conversamos con Iddo Friedberg, doctor experto en predicción de la función de las proteínas y coorganizador del experimento Critical Assessment of Function Annotation (CAFA), sobre la precisión con la que los modelos predicen la función de las proteínas y sobre el futuro de este campo.
CAS: ¿Cómo nació su interés por la predicción de la función de las proteínas?
CAS: ¿Cómo ha evolucionado el campo de la predicción automatizada de la función de las proteínas desde que comenzó a trabajar en él?
CAS: ¿Algunas de las estrategias de predicción de la función de las proteínas están dando mejores resultados que otras?
CAS: A medida que las predicciones de la función molecular mejoran, ¿cómo de bien podemos predecir los procesos biológicos y los componentes celulares?
CAS: ¿Cuáles son a su juicio los principales cuellos de botella en este campo?
CAS: En tal caso, uno de los principales cuellos de botella no es computacional, sino el trabajo de laboratorio que se está haciendo y publicando.
CAS: ¿Cree que los avances recientes en los modelos de procesamiento en lenguaje natural (NLP) se pueden aplicar en la biocuración?
CAS: En su opinión, ¿cuáles son ahora mismo las grandes oportunidades en el campo de la predicción de la función de proteínas?
CAS: Si tuviera una varita mágica para cambiar algo en el proceso de descubrimiento de fármacos, ¿qué cambiaría?
Iddo Friedberg, doctor, es profesor asociado en la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad Estatal de Iowa.Iddo, doctor en Bioinformática, ha desarrollado su carrera en metagenómica computacional y predicción de funciones proteicas.Su investigación tiene como objetivo utilizar la gran cantidad de datos ómicos disponibles para predecir la función de las proteínas y los genes, y trabaja para reunir a científicos con ideas afines para debatir sobre la predicción automatizada de la función de las proteínas. Como coorganizador de la Evaluación Crítica de la Anotación de Funciones (CAFA), un experimento diseñado para proporcionar una evaluación a gran escala de los métodos computacionales dedicados a predecir la función de las proteínas, Iddo se encuentra a la vanguardia del futuro de la predicción de la función de las proteínas.