マンチェスター大学と大学院博士課程を終えた後で、ピーター・ジョンソンはチューリッヒのETHでA・エッシェンモーザー教授の合成化学グループに参加しました。その後、ハーバード大学でE JコリーのLHASAプロジェクトに加わり、1980年にリーズ大学で化学の名誉教授となりました。

リーズにおけるケモインフォマティクスの研究は数々の化学ベースのソフトウェアアプリケーションの開発につながりました。新規リガンドデザイン用SPROUT、合成可能性の評価用CAESA、画像から化学的情報を抽出するCLiDE、最近ではChem21 ELNなどがあります。また、ケモインフォマティクスの研究のほかに、セスキテルペンb-Vetivoneなど数々の天然物の完全合成や初のアルカロイドであるゲルセミンの合成などを達成した合成グループを指導しました。ピーターは大学の研究から発展した、LHASA Ltd.、Orac、Synopsys、SimbiosysおよびKeymoduleなど、複数のソフトウェア会社も創設しています。